馬尾海關是受福州海關直接領導，按授權負責馬尾區(qū)、長樂區(qū)行政轄區(qū)內海港口岸（除長樂區(qū)松下港外）和馬尾區(qū)行政轄區(qū)內福州出口加工區(qū)等特殊監(jiān)管區(qū)域海關各類管理工作的執(zhí)行機構。負責黨的基層組織建設和干部隊伍建設；辦理具體海關業(yè)務，反饋執(zhí)法作業(yè)結果；承辦上級交辦的其他工作事項。

內設機構：

辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、行財科、綜合業(yè)務一科、綜合業(yè)務二科、法制科、運輸工具監(jiān)管科、物流監(jiān)控科、查驗一科、查驗二科、查驗三科、旅檢科、跨境電商監(jiān)管科、亭江監(jiān)管科。