根據(jù)職能調(diào)整，伊犁自治州交通運輸局的主要職責是

  （一）貫徹落實交通運輸行業(yè)法律、法規(guī)、規(guī)章，起草有關地方性法規(guī)、政府規(guī)章草案和政策措施并監(jiān)督實施。

（二）擬訂公路、水路交通運輸發(fā)展規(guī)劃、計劃并監(jiān)督實施。會同有關部門組織編制綜合運輸體系規(guī)劃，參與擬訂交通物流業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略與規(guī)劃。

（三）承擔道路、水路交通運輸綜合管理及其管理市場監(jiān)管工作。貫徹執(zhí)行自治區(qū)道路、水路運輸有關政策、準入制度、技術規(guī)范和運營規(guī)范。承擔運輸線路、營運車輛、樞紐及運輸站場的管理。指導城鄉(xiāng)交通運輸協(xié)調(diào)發(fā)展和城鄉(xiāng)交通運輸一體化，指導公共交通、出租汽車行業(yè)管理。負責公路、水路的銜接和協(xié)調(diào)。

（四）負責農(nóng)村公路建設、養(yǎng)護專項資金監(jiān)督管理。負責并指導交通行業(yè)財務、審計、統(tǒng)計工作。

（五）承擔公路、水路建設市場的監(jiān)管責任，維護交通建設市場公平競爭秩序。負責交通基礎設施的規(guī)劃、建設和管理。貫徹執(zhí)行自治區(qū)公路、水運工程建設有關制度和技術規(guī)范并監(jiān)督實施，承擔管轄交通建設項目的招投標監(jiān)督管理、市場準入、竣工驗收和質(zhì)量監(jiān)督等工作。

（六）負責公路養(yǎng)護管理和路政管理工作，依法保護公路路產(chǎn)路權。負責公路安全保護工作。根據(jù)權限范圍，監(jiān)督指導貨運車輛超限治理工作。

（七）指導交通運輸行業(yè)體制改革。會同有關部門培育和管理交通運輸市場、交通基礎設施建設市場、建立完善交通運輸行業(yè)信用體系建設。

（八）負責交通運輸行業(yè)安全生產(chǎn)監(jiān)督管理。負責運行監(jiān)測和應急處置協(xié)調(diào)工作，組織協(xié)調(diào)應急重點物資和緊急客貨運輸工作。

（九）貫徹執(zhí)行交通行業(yè)科技政策、技術標準和規(guī)范；引導交通運輸行業(yè)優(yōu)化結(jié)構、協(xié)調(diào)發(fā)展。指導交通運輸信息化建設，監(jiān)測分析運行情況。指導交通運輸行業(yè)環(huán)境保護和節(jié)能減排工作。

（十）監(jiān)督指導交通運輸綜合行政執(zhí)法工作。指導交通運輸行業(yè)的法制宣傳、行政復議、行政應訴、行政執(zhí)法和監(jiān)督工作。指導交通運輸行業(yè)職業(yè)教育和培訓工作。

（十一）指導交通運輸行業(yè)開展國際經(jīng)濟技術合作與交流及利用外資工作。

（十二）完成自治州黨委、自治州人民政府交辦的其他任務。